O Clube teve início em 28 de Novembro de 1965, fundado por funcionários da prefeitura da cidade. Seu nome era Esporte Clube Paraguaçuense, e seu escudo era este:
Do outro lado do estado, Ryan, um garoto de um pai que nasceu em Paraguaçu Paulista, ficou sabendo da venda do time, financiou um empréstimo e comprou o Paraguaçuense, mudou o nome de Esporte Clube Paraguaçuence para Paraguaçú Paulista Esporte Clube, Paraguaçu com assento para enfatizar o nome, e seu novo escudo foi esse:
Ryan foi subindo, no Paulistão subiu: Série B, A3, A2, e A1, ganhou a elite do estado e foi classificado para o Brasileiro Série D, e foi subindo, C, B, e A, no ano de 2011, o Brasileirão foi denominado "Liga Manager", o Paraguaçú disputou a Liga Manager de 2011, e parou nas quartas de finais, nos Xande's. Disputou a Liga Manager 2011/12, onde na final, o time teve uma crise e perdeu a final de 1 a 0 para o Inpacto FC.
Após isso, ocorrem várias coisas: Mudança do dono da Liga, nome com 2.0 (Liga Manager 2.0), a demora para a Liga voltar, em fim, os jogadores cansaram de esperar e pediram a saída do clube, assim como todos os outros, alguns clubes desistiram, mas o O PARAGUAÇÚ continuou firme e forte, até as inscrições da Liga 2.0. O Presidente Ryan decidiu tirar o acento do "u" para dar mais originalidade a cidade. A competição parou na fase de grupos
Após a paralisação, a competição volta num novo fórum: FootBrasil, com o mesmo organizador: Junior Vaccari, os elencos ainda estão sendo formados.
Após a formação dos elencos, a competição começou a rolar, e no desenrolar, Paraguaçu é Bi-Vice, perdendo para o Getas FC.
Após a queda do FootBrasil, a Liga Manager volta no mesmo fórum, com uma área própria.
Atualizado dia 26/01/13 ás 17:40 por RAMOS, Ryan (presidente e técnico do Clube)
